Производство биодизеля осуществляется в фотобиореакторах, в которых водоросли циркулируют в питательной среде, насыщенной СО2. Биодизель является одним из основных видов жидкого топлива в Европе. Под воздействием искуственного и/или естественного света (фотосинтез) водоросли вырабатывают липиды (жиры), после очистки которых получается биодизельное топливо.
Современные фотобиореакторы ускоряют процесс фотосинтеза до степени, когда производство биодизеля становится экономически обоснованным и прибыльным. Модуль производства биодизеля также производит биомассу,Омега–3, каротины, пищевые добавки, полисахариды, корма.